As Misericórdias Portuguesas foram as instituições que, não estando sob tutela da Igreja mas sim do Estado Central português desde a sua fundação em 1498 com a Casa de Lisboa, foram por ele adaptadas e reformuladas ao sabor das mudanças politicas, culturais e sociais. Facto é que nunca foram extintas. Seria de esperar que com um republicanismo radical e anticlerical, estas instituições fossem de imediato desmanteladas e os seus bens incorporados pelo Estado, contudo, a República surpreende, e as Misericórdias permanecem. Com a República, existiam dois caminhos a seguir: ou as Misericórdias se associavam a uma via assistencial, laica, de acordo com a lei de 25 de Maio de 1911 que pretendia a reorganização da assistência nacional, ou, seguiam pela via cultualista que a República facultou e permitiu através da Lei da Separação. Esta atitude, por parte de uma República anticlerical como foi a portuguesa, reflecte, no entanto, um aspecto essencial: legitimar a continuidade destas instituições, através da sua total laicização. Em Setúbal, após o 5 de Outubro, o Governo Civil de Lisboa, na primeira oportunidade, dissolve a Mesa dirigida por um conservador, e no seu lugar, coloca um republicano. Em 1912 depois de alterados os Estatutos, considerava-se a partir daqui, alheia a assuntos políticos e religiosos, dedicada exclusivamente aos actos de assistência e beneficência. Os Irmãos da Irmandade da Santa Casa da Misericórdia de Setúbal desde 1499 são, após 1912, os Sócios da Associação de Beneficência da Misericórdia de Setúbal. Os valores da cidadania inerentes ao liberalismo oitocentista ganham novo fulgor com a implantação da República, e é essa cultura política que irá envolver todas as acções dos dirigentes da Instituição. Em poucos anos, a população em geral, estava mobilizada em contribuir para a assistência em Setúbal. Funda-se em 1913, o primeiro Asilo para inválidos do trabalho. Em 1913, o Asilo albergava 15 indivíduos, em 1920 contava 40 asilados, tudo, em virtude das várias ampliações, erigidas em nome da assistência pela benemerência local.

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