A decisão de extinguir o Santo Ofício em Portugal, primeira reforma introduzida nas estruturas da Igreja Lusitana pertence também à história da reforma liberal do estado absolutista, na medida em que é a primeira medida de mudança na parte do aparelho de estado com funções religiosas. O respetivo debate parlamentar, ocorrido no arranque do triénio liberal, é mais político do que religioso e nele estão presentes algumas ideias sobre a Igreja que se virão a consolidar noutras reformas das estruturas eclesiásticas. O largo consenso parlamentar não espelhava necessariamente um consenso social ou atitude coletiva generalizada. Embora tenha sido possível identificar manifestações populares de revolta explícita contra o tribunal da fé, foi também possível detetar resistências ao seu desaparecimento, ainda que com pouca visibilidade.

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