João Moreira é doutorado em História pelo ISCTE. Na sua tese de doutoramento focou-se na transformação do panorama cultural português ao longo do período 1968-1986, analisando especificamente o itinerário teórico e político de três intelectuais: António José Saraiva, Eduardo Prado Coelho e João Martins Pereira. Com este trabalho foi distinguido com o Prémio Mário Soares - Fundação EDP 2023 e com o Prémio Victor de Sá de História Contemporânea 2023.

É autor de alguns artigos sobre os intelectuais portugueses e compilou um conjunto de textos de João Martins Pereira sobre o processo de integração de Portugal na Comunidade Económica Europeia. Além de estudar o panorama cultural e intelectual nacional, debruça-se igualmente sobre a história das organizações da esquerda radical, em particular as que se reconheciam no legado teórico e político de Leon Trotsky - objeto da sua dissertação de mestrado.