Margarida Santos é professora auxiliar convidada no Iscte-Sintra nas áreas de Psicologia da Saúde e Psicologia da Educação. É Diretora da Licenciatura em Tecnologias Digitais e Saúde, Coordenadora do Mestrado em Gestão da Transformação Digital no Setor da Saúde, no âmbito do projeto internacional ManagiDITH coordenado pelo Iscte, e Membro da Comissão Especializada em Assuntos Pedagógicos do Iscte-Sintra.
Desde 2015 que coordena um projeto de investigação-acção na área da saúde, que promove o envolvimento das pessoas com doença e seus representantes nos processos de tomada de decisão na área da saúde. Este projeto é responsável pela Carta para a Participação Pública em Saúde (Lei n.º 108/2019, de 9 de setembro).
Doutorada em Psicologia, mestre em Psicologia Social e das Organizações e licenciada em Psicologia pelo Iscte-Instituto Universitário de Lisboa. A sua investigação tem focado os processos de tomada de decisão e a participação do público, em particular no domínio das políticas públicas (ex.: orçamentos participativos municipais), sendo autora ou co-autora de mais de 20 publicações científicas no domínio.