Rui Neto Marinheiro concluiu, em 1995, na Universidade do Porto a licenciatura em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, especialização em Telecomunicações e Computadores, tendo prosseguido de imediato os seus estudos para doutoramento, em Eletrónica e Informática, com uma bolsa FCT, concluídos em 2001 na University of Southampton, Reino Unido. 

Após regressar a Portugal, iniciou no Departamento de Ciências e Tecnologias da Informação da Escola de Tecnologias e Arquitetura do Iscte - Instituto Universitário de Lisboa, a sua atividade pedagógica, sendo atualmente Professor Associado. Lecionou até à data dezenas unidades curriculares, em todos os níveis de ensino, sendo atualmente Diretor do Curso de Licenciatura em Engenharia de Telecomunicações e Informática. Adicionalmente tem participado num número muito significativo de programas de formação contínua e de serviço de cooperação e consultadoria a outras instituições. 

No Iscte tem-se também dedicado a atividades de gestão académica incluindo a introdução do ensino em e-Learning no Iscte, a coordenação do Centro de Audiovisuais e a coordenação de laboratórios. Mais recentemente tem se envolvido em iniciativas que promovam a mobilidade como os programas Erasmus+ e o recrutamento de estudantes internacionais.

Na sua atividade científica, integrada do Instituto de Telecomunicações, participou em muitos projetos internacionais e nacionais, tendo sido o investigador principal ou local de alguns desses projetos. Tem participado também na organização de um número assinalável de eventos científicos, e tem dezenas de publicações científicas internacionais na área das redes de computadores, incluindo arquiteturas de redes, mobilidade e redes heterogéneas, arquitetura de comunicação e sistemas para a internet das coisas, redes definidas por software, e protocolos de controlo de acesso ao meio.