A primeira referência explícita à circuncisão feminina foi feita pelo geógrafo e historiador grego Estrabão, por volta do século I a. C., relatando a forma como a prática era zelosamente realizada no Egito. Existem provas, porém, de que a circuncisão feminina pode ter sido uma prática comum nesta região mesmo antes desse período. Descrições mais detalhadas começaram a surgir, de acordo com Sara Johnsdotter, durante os séculos XV e XVI com as viagens europeias a África. Foi mais tarde (principalmente nos séculos XVIII e XIX) que diferentes interpretações se debruçaram sobre as finalidades da prática, tendo originado debates a nível moral, a par de considerações higiénicas e estéticas. No entanto, as origens do C/MGF permanecem desconhecidas (Johnsdotter 2012).

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